Après un long retour aux sources sur leurs terres africaines, Alex de lion et ses fidèles amis Marty le zèbre, Melman la girafe et Gloria l’hippopotame, aspirent désormais à rentrer chez eux, au zoo de Central Park à New York… et rien ne les arrêtera !
Les célèbres Pingouins, King Julian et Maurice se joignent à eux dans une aventure qui les mène jusqu’en Europe. Leur néfaste rencontre avec la cruelle Capitaine Chantelle Dubois – collectionneuse de trophées d’animaux de son état et par ailleurs agent de la brigade animalière – scelle le début d’un périple à rebondissements à travers l’Europe.
Fort heureusement, nos amis trouvent rapidement la couverture idéale – un cirque ambulant – pour échapper au Capitaine avant qu’elle n’accroche la tête d’Alex sur son mur de victoire. Ils deviennent bien sûr les mascottes du cirque – façon Madagascar bien sûr !