Le nouvel opus des studios Ghibli se déroule dans le Japon des années 60 et se pose tout en haut d’une colline surplombant le port de Yokohama. Umi, une jeune lycéenne, vit seule dans sa pension de famille, sa mère étant partie travailler au loin. Depuis la disparition en mer de son père, elle hisse chaque matin deux pavillons face à la baie, comme un message lancé à l’horizon.
C’est dans ce décor qu’Umi fait la rencontre de Shun, un lycéen que son histoire, relatée dans le journal du campus, a considérablement ému. Réunis par un projet commun – sauver un vieux foyer voué à la destruction – les deux lycéens se rapprochent. Mais leur relation va prendre une tournure inattendue avec la découverte d’un secret qui entoure leurs naissances et semble les lier.